Musée des Beaux Arts (Konstmuseum)
Konstmuseet, som sedan 1869 finns i den vänstra flygeln av Palais Longchamp, har samlat på två våningar betydande tavlor av franska, italienska och flamländska målare: Pérugin, Carrache, Rubens, Vouet, David, Courbet ... och ett antal skulpturer. Den provensalska skolan från 1600- till 1800-talet är en höjdpunkt i museets samlingar, med verk av Puget, Serre, Mignard, Loubon, Monticelli, Guigou... Museet omfattar även en samling av ritningar. (Stängt pga arbete)
Musée Grobet-Labadié
Museet återskapar den intimistiska stämningen i ett patricierhus från 1800-talet. Det innehåller konstsamlingar tillhörande musikern Louis Grobet och Marie-Louise Labadié (skulpturer, målningar, ritningar, möbler, tapisserier och fajanser från 1600- och 1700-talet).
Muséum d’Histoire Naturelle
I den högra flygeln av Palais Longchamp finns det Naturhistoriska museet som har en sal med zoologi från hela världen och fyrahundra miljoner år av Provence-historia. Ett vetenskapligt bibliotek för barn och vuxna står till allmänhetens förfogande.
Musée des Docks Romains
Museet ligger på samma plats där den romerska förrådsbyggnaden låg. Det innehåller rester som vittnar om den ekonomiska verksamheten på den tiden (från 600-talet f.Kr. till 300-talet efter Kr.): dolia (stora amforor som användes för förvaring).
Musée d’Archéologie Méditerranéenne
Detta museum, som finns mitt i Vieille Charité, har den näststörsta samlingen av egyptiska föremål i Frankrike och en samling av sällsynta föremål ur det dagliga livet i den keltoliguriska civilisationen, 300 år f. Kr.
Den antika sektionen avspeglar de stora historiska förloppen kring Medelhavet.
Musée d’Arts Africain, Océanien et Amérindien
Finns mitt i Vieille Charité och innehåller en exceptionell samling av skulpturer från dessa tre kontinenter.
Musée Cantini
Detta patricierhus från slutet av 1600-talet innehåller en av de finaste offentliga franska samlingarna (målningar och skulpturer) av fauvister och surrealister samt verk av efterkrigsmålare, som till exempel: Dufy, Ernst, Léger, Matisse, Miro, Derain...
Musée d’Histoire de Marseille och Jardin des Vestiges
Fynden som gjordes i hamnen och de antika murarna ledde till att man skapade ett museum tillägnat stadens historia. Här kan man se ett spektakulärt vrak efter ett fartyg från 200-talet e. Kr., ett vittnesmål om grundandet av staden.
En presentation av resultaten av de utgrävningar som gjorts i staden och den originella samlingen av betydande familjers vapensköldar gör det möjligt att följa Marseilles historia fram till 1800-talet.
Musée de la Marine et de l’Économie
Sjöfartsmuseet finns inne i Palais de la Bourse. Det innehåller gravyrer, tavlor och modeller som skildrar hamnstadens ekonomiska förflutna sedan 1500-talet.
Musée de la Mode
Den ständiga samlingen, som representerar modet från 1930-talet till nu, visas regelbundet. Dessutom organiserar museet stora tema- och fotoutställningar som gäller olika samtida modeföreteelser.
Musée d’Art Contemporain
Sedan maj 1994 hyser denna byggnad på 4000 m2 olika konstriktningar från 1960 till våra dagar. Där finns representanter för den nya realismen ända till samtida konst: César (skulptör från Marseille som skapat de troféer som utdelas vid filmfestivalen i Cannes), Cristo och affichkonstnärer. Tillfälliga utställningar kan ses parallellt med de permanenta samlingarna.
Musée des Arts et Traditions Populaires du Terroir Marseillais
Detta museum, som grundades 1928 i stadsdelen Château Gombert, skildrar livet i denna trakt från 1500-talet till 1800-talet, genom en presentation av provensalska kostymer och möbler, men även crèches (krubbor) och santons (traditionella julsymboler i Provence).
Musée de la Faïence
Slottet Pastré (från 1800-talet) som ligger mellan havet och kullarna i en park, innehåller över 1200 keramikföremål, som härstammar från denna trakt eller andra franska och europeiska regioner, från yngre stenåldern till våra dagar.