Kunstmuseum (Musée des Beaux Arts)
Kunstmuseet har siden 1869 haft til huse i den venstre fløj af Palais Longchamp. Det omfatter to etager med en væsentlig samling værker af de franske, italienske og flamske skoler: Pérugin, Carrache, Rubens, Vouet, David, Courbet ... samt en række skulpturer. Den provencalske skole fra det 17. til det 19. århundrede er et af samlingernes højdepunkter, med værker af Puget, Serre, Mignard, Loubon, Monticelli, Guigou... Museet omfatter ligeledes en samling tegninger. (Lukket for restaurering)
Grobet-Labadié museet
Dette museum genskaber stemningen fra et privat palæ i det 19. århundrede og huser en samling, der tilhørte to kunstelskere, musikeren Louis Grobet og Marie-Louise Labadié (skulpturer, malerier, tegninger, møbler, vægtæpper og fajance fra det 13. til det 18. århundrede).
Naturhistorisk museum (Muséum d’Histoire Naturelle)
I højre fløj af Palais Longchamp omfatter Naturhistorisk museum en sal, der præsenterer hele verdens zoologi og Provences historie gennem fire hundrede millioner år. Et videnskabeligt bibliotek for børn og voksne er til offentlighedens rådighed.
Det romerske pakhusmuseum (Musée des Docks Romains)
Museets placering svarer til et romersk pakhus. Det indeholder fortidslevn, som vidner om periodens økonomiske aktivitet (fra det 6. århundrede f. Kr. til det 4. århundrede e. Kr.): bl.a. de store opbevarings-amforer kaldet dolia.
Museum for Middelhavets arkæologi (Musée d’Archéologie Méditerranéenne)
Dette museum, der ligger i la Vieille Charité kulturcentret, besidder den næststørste egyptiske samling i Frankrig samt en samling sjældne dagligdagsgenstande fra den celtisk-liguriske civilisation, som stammer fra det 3. århundrede f. Kr..
Oldtidsafdelingen afspejler de store strømninger i oldtidens historie omkring Middelhavet.
Museum for afrikansk, oceanisk og amerikansk-indiansk kunst (Musée d’Arts Africain, Océanien et Amérindien)
Dette museum ligger i la Vieille Charité kulturcentret og udstiller en exceptionel samling af skulpturer fra de tre kontinenter.
Cantini-museet
I et privat palæ fra slutningen af det 17. århundrede præsenteres en af Frankrigs smukkeste offentlige samlinger (malerier og skulpturer) fra den fauvistiske og surrealistiske periode, samt værker af efterkrigstidens kunstnere (1945), såsom: Dufy, Ernst, Léger, Matisse, Miro, Derain...
Marseille historiske museum (Musée d’Histoire) og Fortidens have (Jardin des Vestiges)
Udgravningen af rester af den antikke havn og bymurene førte til oprettelsen af et museum for byens historie. Der blev fundet et spektakulært vrag af et skib fra 3. århundrede e. Kr., som vidner om byens grundlæggelse.
Marseilles historie frem til det 19. århundrede fremmanes gennem en præsentation af resultaterne af udgravningerne samt en original samling af byens store familiers våbenskjold.
Søfarts- og Økonomimuseet (Musée de la Marine et de l’Économie)
Museet ligger i Palais de la Bourse og udstiller graveringer, malerier og modeller, som skildrer havnebyens økonomiske fortid siden det 16. århundrede.
Mode-museet (Musée de la Mode)
Museets faste samling, der afspejler moden fra 1930’erne til vor tid, er regelmæssigt tilgængelig for offentligheden. Desuden tilbyder museet ofte store fotografiske temaudstillinger, der berører alle fænomener inden for nutidens modeverden.
Museum for moderne kunst (Musée d’Art Contemporain)
Siden museets indvielse i maj 1994 præsenteres i denne bygning på 4000 kvadratmeter eksempler på billedkunstens strømninger fra 1960 til vor tid. Her findes repræsentanter fra Neorealismen til Moderne kunst: César (marseillansk billedkunstner, der bl.a. har skabt trofæerne til filmfestivalen i Cannes), Cristo og Affichisterne. Parallelt med de permanente samlinger organiseres der temporære udstillinger.
Museum for Marseille-egnens almuekunst og traditioner (Musée des Arts et Traditions Populaires du Terroir Marseillais)
Dette museum, der blev grundlagt i 1928 i Château Gombert-kvarteret, skildrer livet omkring Marseille fra det 16. til det 19. århundrede gennem en præsentation af provencalske dragter og møbler samt crèches og santons (symboler på juletraditionerne i Provence).
Fajancemuseet (Musée de la Faïence)
Beliggende i en park mellem hav og bakker er Château Pastré-slottet (19. århundrede) hjem for over 1200 keramiske genstande fra Marseille, Provence, Frankrig og Europa, fra stenalderen til vor tid.
